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主要解決的問題主要有兩個：一是異質性（heterogeneity），比如a）鑒定某些因為含量（比例）較低而在常規RNA測序檢測時被“掩蓋”的細胞亞群；b) 檢測細胞群體中不同的個體細胞：比如

流式細胞術作為一種可在單細胞水平上對大量細胞進行快速、準確、多參數定量分析和分選的高技術；進行流式細胞術分析的前提是樣品為單細胞懸液，根據不同實體組織成分的特點可選擇不同的分散細胞的方法，以期達到單細胞產量高、細胞損傷小的目的。

實體組織 溫和組織處理器 的制備方法有那幾點 (1)機械法 1)用剪刀剪碎或者用鋒利的解剖刀剁碎組織; 2)將剪碎的組織加入勻漿器中勻漿; 3)用吸管或注射器抽吸細胞懸液，以分散細胞;

近期，Nature Methods發表了數篇關于大規模單細胞測序相關文章，包括文庫制備、測序方法、分析方法等，這里介紹其中的幾篇。

去年，Broad研究所的研究人員在《Science》上發表了一種稱為sNuc-Seq的單核RNA測序方法。

常規的轉錄組分析方法通常需要103個細胞，所以無法揭示單個細胞之間基因表達的異質性，也難以對諸如早期胚胎及異質性的組織干細胞和腫瘤干細胞等少量細胞進行分析，而單細胞轉錄組測序技術的出現為此提供了有效的研究工具。

簡單回顧測序技術的發展，從桑格爾發明雙脫氧末端終止法(一代測序)到人類基因組計劃歷時13年耗費30億美元，測序一直很貴，直到高通量的邊合成邊測序技術(二代測序)出現。隨著測序

同一組織中的細胞往往被認為是具有相同狀態的功能單位，因此傳統的測序技術分析的是細胞群體的總體平均反應。